El Doctorado en Ingeniería, se encuentra adscrito a la facultad Ingeniería y se desarrollará en modalidad presencial. Con este programa se busca atender necesidades del territorio y las tendencias actuales que plantean nuevos retos, tales como: el desarrollo del sector agrícola a través de ciencia y tecnología; la generación de infraestructura propicia para el desarrollo; el uso adecuado de los recursos naturales, el aprovechamiento sostenible del medio ambiente, desarrollo de tecnologías amigables con el entorno, el diseño de operaciones verdes, tanto logísticas como productivas; el uso de tecnología de información para su uso en las organizaciones y como elemento transformador en los diferentes contextos, y las identificadas en los Planes y Acuerdos Estratégicos Departamentales en CTeI en la región.
Estas nuevas responsabilidades, junto con la complejidad y la velocidad de cambio de la práctica profesional, requieren que los profesionales desarrollen competencias en investigación en procura de generar nuevo conocimiento e innoven en soluciones tales como métodos, procedimientos, tecnologías o aplicaciones que favorezcan el desarrollo del territorio basados en los lineamientos de la educación y el diseño en ingeniería.